mirror of
https://github.com/NGSolve/netgen.git
synced 2025-01-12 22:20:35 +05:00
Merge branch 'mpi_periodic' into 'master'
Mpi periodic See merge request jschoeberl/netgen!93
This commit is contained in:
Joachim Schöberl
commit
614489c69a
@ -44,6 +44,7 @@ namespace netgen
|
||||
cd2names.SetSize(0);
|
||||
|
||||
#ifdef PARALLEL
|
||||
this->comm = MPI_COMM_WORLD;
|
||||
paralleltop = new ParallelMeshTopology (*this);
|
||||
#endif
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -32,6 +32,11 @@ namespace netgen
|
||||
/// point coordinates
|
||||
T_POINTS points;
|
||||
|
||||
#ifdef PARALLEL
|
||||
// The communicator for this mesh. (more or less dummy for now!)
|
||||
MPI_Comm comm;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
/// line-segments at edges
|
||||
Array<Segment, 0, size_t> segments;
|
||||
/// surface elements, 2d-inner elements
|
||||
|
||||
@ -35,52 +35,24 @@ namespace netgen
|
||||
|
||||
void Mesh :: SendRecvMesh ()
|
||||
{
|
||||
int id, np;
|
||||
MPI_Comm_rank(this->comm, &id);
|
||||
MPI_Comm_size(this->comm, &np);
|
||||
|
||||
if (np == 1) {
|
||||
throw NgException("SendRecvMesh called, but only one rank in communicator!!");
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (id == 0)
|
||||
PrintMessage (1, "Send/Receive mesh");
|
||||
|
||||
{
|
||||
// distribute global information
|
||||
int nelglob, nseglob, nvglob;
|
||||
// Why is this here??
|
||||
if (id == 0)
|
||||
{
|
||||
paralleltop -> SetNV (GetNV());
|
||||
paralleltop -> SetNE (GetNE());
|
||||
paralleltop -> SetNSegm (GetNSeg());
|
||||
paralleltop -> SetNSE (GetNSE());
|
||||
|
||||
nelglob = GetNE();
|
||||
nseglob = GetNSE();
|
||||
nvglob = GetNV();
|
||||
}
|
||||
|
||||
MyMPI_Bcast (dimension);
|
||||
MyMPI_Bcast (nelglob);
|
||||
MyMPI_Bcast (nseglob);
|
||||
MyMPI_Bcast (nvglob);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
{
|
||||
// distribute number of local elements
|
||||
if (id == 0)
|
||||
{
|
||||
Array<int> num_els_on_proc(ntasks);
|
||||
num_els_on_proc = 0;
|
||||
for (ElementIndex ei = 0; ei < GetNE(); ei++)
|
||||
num_els_on_proc[(*this)[ei].GetPartition()]++;
|
||||
|
||||
MPI_Scatter (&num_els_on_proc[0], 1, MPI_INT,
|
||||
MPI_IN_PLACE, -1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
int nelloc;
|
||||
MPI_Scatter (NULL, 0, MPI_INT,
|
||||
&nelloc, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
|
||||
|
||||
paralleltop -> SetNE (nelloc);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (id == 0)
|
||||
@ -101,18 +73,29 @@ namespace netgen
|
||||
{
|
||||
Array<MPI_Request> sendrequests;
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending vertices");
|
||||
int dim = GetDimension();
|
||||
MyMPI_Bcast(dim);
|
||||
|
||||
|
||||
const_cast<MeshTopology&>(GetTopology()).Update();
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending nr of elements");
|
||||
|
||||
MPI_Comm comm = this->comm;
|
||||
|
||||
Array<int> num_els_on_proc(ntasks);
|
||||
num_els_on_proc = 0;
|
||||
for (ElementIndex ei = 0; ei < GetNE(); ei++)
|
||||
num_els_on_proc[(*this)[ei].GetPartition()]++;
|
||||
|
||||
MPI_Scatter (&num_els_on_proc[0], 1, MPI_INT,
|
||||
MPI_IN_PLACE, -1, MPI_INT, 0, comm);
|
||||
|
||||
TABLE<ElementIndex> els_of_proc (num_els_on_proc);
|
||||
for (ElementIndex ei = 0; ei < GetNE(); ei++)
|
||||
els_of_proc.Add ( (*this)[ei].GetPartition(), ei);
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Building vertex/proc mapping");
|
||||
|
||||
Array<int> num_sels_on_proc(ntasks);
|
||||
num_sels_on_proc = 0;
|
||||
@ -133,17 +116,98 @@ namespace netgen
|
||||
segs_of_proc.Add ( (*this)[ei].GetPartition(), ei);
|
||||
|
||||
|
||||
/**
|
||||
----- STRATEGY FOR PERIODIC MESHES -----
|
||||
|
||||
Whenever two vertices are identified by periodicity, any proc
|
||||
that gets one of the vertices actually gets both of them.
|
||||
This has to be transitive, that is, if
|
||||
a <-> b and b <-> c,
|
||||
then any proc that has vertex a also has vertices b and c!
|
||||
|
||||
Surfaceelements and Segments that are identified by
|
||||
periodicity are treated the same way.
|
||||
|
||||
We need to duplicate these so we have containers to
|
||||
hold the edges/facets. Afaik, a mesh cannot have nodes
|
||||
that are not part of some sort of element.
|
||||
|
||||
**/
|
||||
|
||||
/** First, we build tables for vertex identification. **/
|
||||
Array<INDEX_2> per_pairs;
|
||||
Array<INDEX_2> pp2;
|
||||
auto & idents = GetIdentifications();
|
||||
bool has_periodic = false;
|
||||
for (int idnr = 1; idnr < idents.GetMaxNr()+1; idnr++)
|
||||
{
|
||||
if(idents.GetType(idnr)!=Identifications::PERIODIC) continue;
|
||||
has_periodic = true;
|
||||
idents.GetPairs(idnr, pp2);
|
||||
per_pairs.Append(pp2);
|
||||
}
|
||||
Array<int, PointIndex::BASE> npvs(GetNV());
|
||||
npvs = 0;
|
||||
for (int k = 0; k < per_pairs.Size(); k++) {
|
||||
npvs[per_pairs[k].I1()]++;
|
||||
npvs[per_pairs[k].I2()]++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/** for each vertex, gives us all identified vertices **/
|
||||
TABLE<PointIndex, PointIndex::BASE> per_verts(npvs);
|
||||
for (int k = 0; k < per_pairs.Size(); k++) {
|
||||
per_verts.Add(per_pairs[k].I1(), per_pairs[k].I2());
|
||||
per_verts.Add(per_pairs[k].I2(), per_pairs[k].I1());
|
||||
}
|
||||
for (int k = PointIndex::BASE; k < GetNV()+PointIndex::BASE; k++) {
|
||||
BubbleSort(per_verts[k]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/** The same table as per_verts, but TRANSITIVE!! **/
|
||||
auto iterate_per_verts_trans = [&](auto f){
|
||||
Array<int> allvs;
|
||||
for (int k = PointIndex::BASE; k < GetNV()+PointIndex::BASE; k++)
|
||||
{
|
||||
allvs.SetSize(0);
|
||||
allvs.Append(per_verts[k]);
|
||||
bool changed = true;
|
||||
while(changed) {
|
||||
changed = false;
|
||||
for (int j = 0; j<allvs.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
auto pervs2 = per_verts[allvs[j]];
|
||||
for (int l = 0; l < pervs2.Size(); l++)
|
||||
{
|
||||
auto addv = pervs2[l];
|
||||
if (allvs.Contains(addv) || addv==k) continue;
|
||||
changed = true;
|
||||
allvs.Append(addv);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
f(k, allvs);
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
iterate_per_verts_trans([&](auto k, auto & allvs) {
|
||||
npvs[k] = allvs.Size();
|
||||
});
|
||||
TABLE<PointIndex, PointIndex::BASE> per_verts_trans(npvs);
|
||||
iterate_per_verts_trans([&](auto k, auto & allvs) {
|
||||
for (int j = 0; j<allvs.Size(); j++)
|
||||
per_verts_trans.Add(k, allvs[j]);
|
||||
});
|
||||
for (int k = PointIndex::BASE; k < GetNV()+PointIndex::BASE; k++) {
|
||||
BubbleSort(per_verts_trans[k]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/** Now we build the vertex-data to send to the workers. **/
|
||||
Array<int, PointIndex::BASE> vert_flag (GetNV());
|
||||
Array<int, PointIndex::BASE> num_procs_on_vert (GetNV());
|
||||
Array<int> num_verts_on_proc (ntasks);
|
||||
|
||||
num_verts_on_proc = 0;
|
||||
num_procs_on_vert = 0;
|
||||
auto iterate_vertices = [&](auto f) {
|
||||
vert_flag = -1;
|
||||
|
||||
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
{
|
||||
FlatArray<ElementIndex> els = els_of_proc[dest];
|
||||
@ -151,114 +215,61 @@ namespace netgen
|
||||
{
|
||||
const Element & el = (*this) [ els[hi] ];
|
||||
for (int i = 0; i < el.GetNP(); i++)
|
||||
{
|
||||
PointIndex epi = el[i];
|
||||
if (vert_flag[epi] < dest)
|
||||
{
|
||||
vert_flag[epi] = dest;
|
||||
|
||||
num_verts_on_proc[dest]++;
|
||||
num_procs_on_vert[epi]++;
|
||||
|
||||
paralleltop -> SetDistantPNum (dest, epi);
|
||||
f(el[i], dest);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
FlatArray<SurfaceElementIndex> sels = sels_of_proc[dest];
|
||||
for (int hi = 0; hi < sels.Size(); hi++)
|
||||
{
|
||||
const Element2d & el = (*this) [ sels[hi] ];
|
||||
for (int i = 0; i < el.GetNP(); i++)
|
||||
{
|
||||
PointIndex epi = el[i];
|
||||
if (vert_flag[epi] < dest)
|
||||
{
|
||||
vert_flag[epi] = dest;
|
||||
|
||||
num_verts_on_proc[dest]++;
|
||||
num_procs_on_vert[epi]++;
|
||||
|
||||
paralleltop -> SetDistantPNum (dest, epi);
|
||||
f(el[i], dest);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
FlatArray<SegmentIndex> segs = segs_of_proc[dest];
|
||||
for (int hi = 0; hi < segs.Size(); hi++)
|
||||
{
|
||||
const Segment & el = (*this) [segs[hi]];
|
||||
for (int i = 0; i < 2; i++)
|
||||
f(el[i], dest);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
/** count vertices per proc and procs per vertex **/
|
||||
iterate_vertices([&](auto vertex, auto dest){
|
||||
auto countit = [&] (auto vertex, auto dest) {
|
||||
if (vert_flag[vertex] < dest)
|
||||
{
|
||||
PointIndex epi = el[i];
|
||||
if (vert_flag[epi] < dest)
|
||||
{
|
||||
vert_flag[epi] = dest;
|
||||
|
||||
vert_flag[vertex] = dest;
|
||||
num_verts_on_proc[dest]++;
|
||||
num_procs_on_vert[epi]++;
|
||||
|
||||
paralleltop -> SetDistantPNum (dest, epi);
|
||||
num_procs_on_vert[vertex]++;
|
||||
GetParallelTopology().SetDistantPNum (dest, vertex);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
};
|
||||
countit(vertex, dest);
|
||||
auto pers = per_verts_trans[vertex];
|
||||
for(int j = 0; j < pers.Size(); j++)
|
||||
countit(pers[j], dest);
|
||||
});
|
||||
TABLE<PointIndex> verts_of_proc (num_verts_on_proc);
|
||||
TABLE<int, PointIndex::BASE> procs_of_vert (num_procs_on_vert);
|
||||
TABLE<int, PointIndex::BASE> loc_num_of_vert (num_procs_on_vert);
|
||||
|
||||
vert_flag = -1;
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
/** Write vertex/proc mappingfs to tables **/
|
||||
iterate_vertices([&](auto vertex, auto dest) {
|
||||
auto addit = [&] (auto vertex, auto dest) {
|
||||
if (vert_flag[vertex] < dest)
|
||||
{
|
||||
FlatArray<ElementIndex> els = els_of_proc[dest];
|
||||
for (int hi = 0; hi < els.Size(); hi++)
|
||||
{
|
||||
const Element & el = (*this) [ els[hi] ];
|
||||
for (int i = 0; i < el.GetNP(); i++)
|
||||
{
|
||||
PointIndex epi = el[i];
|
||||
if (vert_flag[epi] < dest)
|
||||
{
|
||||
vert_flag[epi] = dest;
|
||||
procs_of_vert.Add (epi, dest);
|
||||
vert_flag[vertex] = dest;
|
||||
procs_of_vert.Add (vertex, dest);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
FlatArray<SurfaceElementIndex> sels = sels_of_proc[dest];
|
||||
for (int hi = 0; hi < sels.Size(); hi++)
|
||||
{
|
||||
const Element2d & el = (*this) [ sels[hi] ];
|
||||
for (int i = 0; i < el.GetNP(); i++)
|
||||
{
|
||||
PointIndex epi = el[i];
|
||||
if (vert_flag[epi] < dest)
|
||||
{
|
||||
vert_flag[epi] = dest;
|
||||
procs_of_vert.Add (epi, dest);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
FlatArray<SegmentIndex> segs = segs_of_proc[dest];
|
||||
for (int hi = 0; hi < segs.Size(); hi++)
|
||||
{
|
||||
const Segment & el = (*this) [ segs[hi] ];
|
||||
for (int i = 0; i < 2; i++)
|
||||
{
|
||||
PointIndex epi = el[i];
|
||||
if (vert_flag[epi] < dest)
|
||||
{
|
||||
vert_flag[epi] = dest;
|
||||
procs_of_vert.Add (epi, dest);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
};
|
||||
addit(vertex, dest);
|
||||
auto pers = per_verts_trans[vertex];
|
||||
for(int j = 0; j < pers.Size(); j++)
|
||||
addit(pers[j], dest);
|
||||
});
|
||||
/**
|
||||
local vertex numbers on distant procs
|
||||
(I think this was only used for debugging??)
|
||||
**/
|
||||
for (int vert = 1; vert <= GetNP(); vert++ )
|
||||
{
|
||||
FlatArray<int> procs = procs_of_vert[vert];
|
||||
@ -269,6 +280,7 @@ namespace netgen
|
||||
loc_num_of_vert.Add (vert, verts_of_proc[dest].Size());
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending Vertices - vertices");
|
||||
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
{
|
||||
@ -296,6 +308,70 @@ namespace netgen
|
||||
Array<int> num_distpnums(ntasks);
|
||||
num_distpnums = 0;
|
||||
|
||||
|
||||
/**
|
||||
Next, we send the identifications themselfs.
|
||||
|
||||
Info about periodic identifications sent to each proc is an array of
|
||||
integers.
|
||||
- maxidentnr
|
||||
- type for each identification
|
||||
- nr of pairs for each identification (each pair is local!)
|
||||
- pairs for each periodic ident (global numbers)
|
||||
**/
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending Vertices - identifications");
|
||||
int maxidentnr = idents.GetMaxNr();
|
||||
Array<int> ppd_sizes(ntasks);
|
||||
ppd_sizes = 1 + 2*maxidentnr;
|
||||
for (int idnr = 1; idnr < idents.GetMaxNr()+1; idnr++)
|
||||
{
|
||||
if(idents.GetType(idnr)!=Identifications::PERIODIC) continue;
|
||||
idents.GetPairs(idnr, pp2);
|
||||
for(int j = 0; j<pp2.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
INDEX_2 & pair = pp2[j];
|
||||
// both are on same procs!
|
||||
auto ps = procs_of_vert[pair.I1()];
|
||||
for (int l = 0; l < ps.Size(); l++)
|
||||
{
|
||||
ppd_sizes[ps[l]] += 2;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
TABLE<int> pp_data(ppd_sizes);
|
||||
for(int dest = 0; dest < ntasks; dest++)
|
||||
pp_data.Add(dest, maxidentnr);
|
||||
for (int dest = 0; dest < ntasks; dest++)
|
||||
{
|
||||
for (int idnr = 1; idnr < idents.GetMaxNr()+1; idnr++)
|
||||
pp_data.Add(dest, idents.GetType(idnr));
|
||||
for (int idnr = 1; idnr < idents.GetMaxNr()+1; idnr++)
|
||||
pp_data.Add(dest, 0);
|
||||
}
|
||||
for (int idnr = 1; idnr < idents.GetMaxNr()+1; idnr++)
|
||||
{
|
||||
if(idents.GetType(idnr)!=Identifications::PERIODIC) continue;
|
||||
idents.GetPairs(idnr, pp2);
|
||||
for(int j = 0; j<pp2.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
INDEX_2 & pair = pp2[j];
|
||||
auto ps = procs_of_vert[pair.I1()];
|
||||
for (int l = 0; l < ps.Size(); l++)
|
||||
{
|
||||
auto p = ps[l];
|
||||
pp_data[p][maxidentnr + idnr]++;
|
||||
pp_data.Add(p, pair.I1());
|
||||
pp_data.Add(p, pair.I2());
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
Array<MPI_Request> req_per;
|
||||
for(int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
req_per.Append(MyMPI_ISend(pp_data[dest], dest, MPI_TAG_MESH+1));
|
||||
MPI_Waitall(req_per.Size(), &req_per[0], MPI_STATUS_IGNORE);
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending Vertices - distprocs");
|
||||
|
||||
for (int vert = 1; vert <= GetNP(); vert++)
|
||||
{
|
||||
FlatArray<int> procs = procs_of_vert[vert];
|
||||
@ -368,73 +444,222 @@ namespace netgen
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
sendrequests.Append (MyMPI_ISend (fddata, dest, MPI_TAG_MESH+3));
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending Surface elements" );
|
||||
/** Surface Elements **/
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending Surface elements" );
|
||||
// build sel-identification
|
||||
size_t nse = GetNSE();
|
||||
Array<SurfaceElementIndex> ided_sel(nse);
|
||||
ided_sel = -1;
|
||||
bool has_ided_sels = false;
|
||||
if(GetNE() && has_periodic) //we can only have identified surf-els if we have vol-els (right?)
|
||||
{
|
||||
Array<SurfaceElementIndex, 0> os1, os2;
|
||||
for(SurfaceElementIndex sei = 0; sei < GetNSE(); sei++)
|
||||
{
|
||||
if(ided_sel[sei]!=-1) continue;
|
||||
const Element2d & sel = (*this)[sei];
|
||||
FlatArray<const PointIndex> points = sel.PNums();
|
||||
auto ided1 = per_verts[points[0]];
|
||||
os1.SetSize(0);
|
||||
for (int j = 0; j < ided1.Size(); j++)
|
||||
os1.Append(GetTopology().GetVertexSurfaceElements(ided1[j]));
|
||||
for (int j = 1; j < points.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
os2.SetSize(0);
|
||||
auto p2 = points[j];
|
||||
auto ided2 = per_verts[p2];
|
||||
for (int l = 0; l < ided2.Size(); l++)
|
||||
os2.Append(GetTopology().GetVertexSurfaceElements(ided2[l]));
|
||||
for (int m = 0; m<os1.Size(); m++) {
|
||||
if(!os2.Contains(os1[m])) {
|
||||
os1.Delete(m);
|
||||
m--;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(!os1.Size()) continue;
|
||||
if(os1.Size()>1) {
|
||||
throw NgException("SurfaceElement identified with more than one other??");
|
||||
}
|
||||
const Element2d & sel2 = (*this)[sei];
|
||||
FlatArray<const PointIndex> points2 = sel2.PNums();
|
||||
has_ided_sels = true;
|
||||
ided_sel[sei] = os1[0];
|
||||
ided_sel[os1[0]] = sei;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// build sel data to send
|
||||
auto iterate_sels = [&](auto f) {
|
||||
for (SurfaceElementIndex sei = 0; sei < GetNSE(); sei++ )
|
||||
{
|
||||
const Element2d & sel = (*this)[sei];
|
||||
int dest = (*this)[sei].GetPartition();
|
||||
f(sei, sel, dest);
|
||||
if(ided_sel[sei]!=-1)
|
||||
{
|
||||
int dest2 = (*this)[ided_sel[sei]].GetPartition();
|
||||
f(sei, sel, dest2);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
Array <int> nlocsel(ntasks), bufsize(ntasks);
|
||||
nlocsel = 0;
|
||||
bufsize = 1;
|
||||
|
||||
for (int sei = 1; sei <= GetNSE(); sei++ )
|
||||
{
|
||||
const Element2d & sel = SurfaceElement (sei);
|
||||
int dest = sel.GetPartition();
|
||||
iterate_sels([&](SurfaceElementIndex sei, const Element2d & sel, int dest){
|
||||
nlocsel[dest]++;
|
||||
bufsize[dest] += 4 + 2*sel.GetNP();
|
||||
}
|
||||
|
||||
});
|
||||
TABLE<int> selbuf(bufsize);
|
||||
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++ )
|
||||
selbuf.Add (dest, nlocsel[dest]);
|
||||
|
||||
for (int sei = 1; sei <= GetNSE(); sei ++ )
|
||||
{
|
||||
const Element2d & sel = SurfaceElement (sei);
|
||||
int dest = sel.GetPartition();
|
||||
|
||||
iterate_sels([&](SurfaceElementIndex sei, const auto & sel, int dest) {
|
||||
selbuf.Add (dest, sei);
|
||||
selbuf.Add (dest, sel.GetIndex());
|
||||
// selbuf.Add (dest, 0);
|
||||
selbuf.Add (dest, sel.GetNP());
|
||||
|
||||
for ( int ii = 1; ii <= sel.GetNP(); ii++)
|
||||
{
|
||||
selbuf.Add (dest, sel.PNum(ii));
|
||||
selbuf.Add (dest, sel.GeomInfoPi(ii).trignum);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
});
|
||||
// distribute sel data
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
sendrequests.Append (MyMPI_ISend(selbuf[dest], dest, MPI_TAG_MESH+4));
|
||||
|
||||
|
||||
/** Segments **/
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending Edge Segments");
|
||||
|
||||
|
||||
Array <int> nloc(ntasks);
|
||||
nloc = 0;
|
||||
bufsize = 1;
|
||||
|
||||
for (int i = 1; i <= GetNSeg(); i++ )
|
||||
auto iterate_segs1 = [&](auto f) {
|
||||
Array<SegmentIndex> osegs1, osegs2, osegs_both;
|
||||
Array<int> type1, type2;
|
||||
for(SegmentIndex segi = 0; segi < GetNSeg(); segi++)
|
||||
{
|
||||
const Segment & seg = LineSegment (i);
|
||||
int dest = seg.GetPartition();
|
||||
nloc[dest] ++;
|
||||
bufsize[dest] += 14;
|
||||
const Segment & seg = (*this)[segi];
|
||||
int segnp = seg.GetNP();
|
||||
PointIndex pi1 = seg[0];
|
||||
auto ided1 = per_verts[pi1];
|
||||
PointIndex pi2 = seg[1];
|
||||
auto ided2 = per_verts[pi2];
|
||||
if (!(ided1.Size() && ided2.Size())) continue;
|
||||
osegs1.SetSize(0);
|
||||
type1.SetSize(0);
|
||||
for (int l = 0; l<ided1.Size(); l++)
|
||||
{
|
||||
auto ospart = GetTopology().GetVertexSegments(ided1[l]);
|
||||
for(int j=0; j<ospart.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
if(osegs1.Contains(ospart[j]))
|
||||
throw NgException("Periodic Mesh did something weird.");
|
||||
osegs1.Append(ospart[j]);
|
||||
type1.Append(idents.GetSymmetric(pi1, ided1[l]));
|
||||
}
|
||||
|
||||
TABLE<double> segm_buf(bufsize);
|
||||
|
||||
/*
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++ )
|
||||
segm_buf.Add (dest, nloc[dest]);
|
||||
*/
|
||||
for (int i = 1; i <= GetNSeg(); i++ )
|
||||
}
|
||||
osegs2.SetSize(0);
|
||||
type2.SetSize(0);
|
||||
for (int l = 0; l<ided2.Size(); l++)
|
||||
{
|
||||
const Segment & seg = LineSegment (i);
|
||||
int dest = seg.GetPartition();
|
||||
|
||||
segm_buf.Add (dest, i);
|
||||
auto ospart = GetTopology().GetVertexSegments(ided2[l]);
|
||||
for(int j=0; j<ospart.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
if(osegs2.Contains(ospart[j]))
|
||||
throw NgException("Periodic Mesh did something weird.");
|
||||
osegs2.Append(ospart[j]);
|
||||
type2.Append(idents.GetSymmetric(pi2, ided2[l]));
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
osegs_both.SetSize(0);
|
||||
for (int l = 0; l<osegs1.Size(); l++) {
|
||||
auto pos = osegs2.Pos(osegs1[l]);
|
||||
if (pos == -1) continue;
|
||||
if (type1[l] != type2[pos]) continue;
|
||||
osegs_both.Append(osegs1[l]);
|
||||
}
|
||||
for(int l = 0; l<osegs_both.Size(); l++) {
|
||||
int segnp = (*this)[osegs_both[l]].GetNP();
|
||||
if(segnp!=segnp)
|
||||
throw NgException("Tried to identify non-curved and curved Segment!");
|
||||
}
|
||||
for(int l = 0; l<osegs_both.Size(); l++) {
|
||||
f(segi, osegs_both[l]);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
Array<int> per_seg_size(GetNSeg());
|
||||
per_seg_size = 0;
|
||||
iterate_segs1([&](SegmentIndex segi1, SegmentIndex segi2)
|
||||
{ per_seg_size[segi1]++; });
|
||||
TABLE<SegmentIndex> per_seg(per_seg_size);
|
||||
iterate_segs1([&](SegmentIndex segi1, SegmentIndex segi2)
|
||||
{ per_seg.Add(segi1, segi2); });
|
||||
// make per_seg transitive
|
||||
auto iterate_per_seg_trans = [&](auto f){
|
||||
Array<SegmentIndex> allsegs;
|
||||
for (SegmentIndex segi = 0; segi < GetNSeg(); segi++)
|
||||
{
|
||||
allsegs.SetSize(0);
|
||||
allsegs.Append(per_seg[segi]);
|
||||
bool changed = true;
|
||||
while (changed)
|
||||
{
|
||||
changed = false;
|
||||
for (int j = 0; j<allsegs.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
auto persegs2 = per_seg[allsegs[j]];
|
||||
for (int l = 0; l<persegs2.Size(); l++)
|
||||
{
|
||||
auto addseg = persegs2[l];
|
||||
if (allsegs.Contains(addseg) || addseg==segi) continue;
|
||||
allsegs.Append(addseg);
|
||||
changed = true;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
f(segi, allsegs);
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
iterate_per_seg_trans([&](SegmentIndex segi, Array<SegmentIndex> & segs){
|
||||
for (int j = 0; j < segs.Size(); j++)
|
||||
per_seg_size[segi] = segs.Size();
|
||||
});
|
||||
TABLE<SegmentIndex> per_seg_trans(per_seg_size);
|
||||
iterate_per_seg_trans([&](SegmentIndex segi, Array<SegmentIndex> & segs){
|
||||
for (int j = 0; j < segs.Size(); j++)
|
||||
per_seg_trans.Add(segi, segs[j]);
|
||||
});
|
||||
// build segment data
|
||||
Array<int> dests;
|
||||
auto iterate_segs2 = [&](auto f)
|
||||
{
|
||||
for (SegmentIndex segi = 0; segi<GetNSeg(); segi++)
|
||||
{
|
||||
const Segment & seg = (*this)[segi];
|
||||
dests.SetSize(0);
|
||||
dests.Append(seg.GetPartition());
|
||||
for (int l = 0; l < per_seg_trans[segi].Size(); l++)
|
||||
{
|
||||
int dest2 = (*this)[per_seg_trans[segi][l]].GetPartition();
|
||||
if(!dests.Contains(dest2))
|
||||
dests.Append(dest2);
|
||||
}
|
||||
for (int l = 0; l < dests.Size(); l++)
|
||||
f(segi, seg, dests[l]);
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
Array<int> nloc_seg(ntasks);
|
||||
// bufsize = 1; //was originally this - why??
|
||||
bufsize = 0;
|
||||
nloc_seg = 0;
|
||||
iterate_segs2([&](auto segi, const auto & seg, int dest)
|
||||
{
|
||||
nloc_seg[dest]++;
|
||||
bufsize[dest] += 14;
|
||||
});
|
||||
TABLE<double> segm_buf(bufsize);
|
||||
iterate_segs2([&](auto segi, const auto & seg, int dest)
|
||||
{
|
||||
segm_buf.Add (dest, segi);
|
||||
segm_buf.Add (dest, seg.si);
|
||||
segm_buf.Add (dest, seg.pnums[0]);
|
||||
segm_buf.Add (dest, seg.pnums[1]);
|
||||
@ -448,81 +673,11 @@ namespace netgen
|
||||
segm_buf.Add (dest, seg.epgeominfo[1].dist);
|
||||
segm_buf.Add (dest, seg.singedge_right);
|
||||
segm_buf.Add (dest, seg.singedge_left);
|
||||
}
|
||||
|
||||
});
|
||||
// distrubute segment data
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
sendrequests.Append (MyMPI_ISend(segm_buf[dest], dest, MPI_TAG_MESH+5));
|
||||
|
||||
/*
|
||||
Array <int> nlocseg(ntasks), segi(ntasks);
|
||||
for ( int i = 0; i < ntasks; i++)
|
||||
{
|
||||
nlocseg[i] = 0;
|
||||
bufsize[i] = 0;
|
||||
segi[i] = 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (int segi = 1; segi <= GetNSeg(); segi ++ )
|
||||
{
|
||||
Array<int> volels;
|
||||
const MeshTopology & topol = GetTopology();
|
||||
topol . GetSegmentSurfaceElements ( segi, volels );
|
||||
for (int j = 0; j < volels.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
int ei = volels[j];
|
||||
if ( ei > 0 && ei <= GetNSE() )
|
||||
{
|
||||
const Element2d & el = SurfaceElement (ei);
|
||||
int dest = el.GetPartition();
|
||||
nlocseg[dest] ++;
|
||||
bufsize[dest] += 14;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
TABLE<double> segmbuf(bufsize);
|
||||
|
||||
for ( int ls=1; ls <= GetNSeg(); ls++)
|
||||
{
|
||||
Array<int> volels;
|
||||
GetTopology().GetSegmentSurfaceElements ( ls, volels );
|
||||
const Segment & seg = LineSegment (ls);
|
||||
|
||||
for (int j = 0; j < volels.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
int ei = volels[j];
|
||||
if ( ei > 0 && ei <= GetNSE() )
|
||||
{
|
||||
const Element2d & el = SurfaceElement (ei);
|
||||
int dest = el.GetPartition();
|
||||
|
||||
if ( dest > 0 )
|
||||
{
|
||||
segmbuf.Add (dest, ls);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.si);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.pnums[0]);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.pnums[1]);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.geominfo[0].trignum);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.geominfo[1].trignum);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.surfnr1);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.surfnr2);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.edgenr);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.epgeominfo[0].dist);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.epgeominfo[1].edgenr);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.epgeominfo[1].dist);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.singedge_right);
|
||||
segmbuf.Add (dest, seg.singedge_left);
|
||||
segi[dest] += 14;
|
||||
}
|
||||
// paralleltop -> SetDistantSegm ( dest, ls, int ( segi[dest] / 14 ) );
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
for ( int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
sendrequests.Append (MyMPI_ISend(segmbuf[dest], dest, MPI_TAG_MESH+5));
|
||||
*/
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "now wait ...");
|
||||
|
||||
MPI_Waitall (sendrequests.Size(), &sendrequests[0], MPI_STATUS_IGNORE);
|
||||
@ -595,6 +750,15 @@ namespace netgen
|
||||
int timer_sels = NgProfiler::CreateTimer ("Receive surface elements");
|
||||
NgProfiler::RegionTimer reg(timer);
|
||||
|
||||
int dim;
|
||||
MyMPI_Bcast(dim);
|
||||
SetDimension(dim);
|
||||
|
||||
// Receive number of local elements
|
||||
int nelloc;
|
||||
MPI_Scatter (NULL, 0, MPI_INT,
|
||||
&nelloc, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
|
||||
paralleltop -> SetNE (nelloc);
|
||||
|
||||
// string st;
|
||||
|
||||
@ -604,6 +768,7 @@ namespace netgen
|
||||
Array<int> verts;
|
||||
MyMPI_Recv (verts, 0, MPI_TAG_MESH+1);
|
||||
|
||||
|
||||
int numvert = verts.Size();
|
||||
paralleltop -> SetNV (numvert);
|
||||
|
||||
@ -624,6 +789,31 @@ namespace netgen
|
||||
MPI_Status status;
|
||||
MPI_Recv( &points[1], numvert, mptype, 0, MPI_TAG_MESH+1, MPI_COMM_WORLD, &status);
|
||||
|
||||
Array<int> pp_data;
|
||||
MyMPI_Recv(pp_data, 0, MPI_TAG_MESH+1);
|
||||
|
||||
|
||||
int maxidentnr = pp_data[0];
|
||||
auto & idents = GetIdentifications();
|
||||
for (int idnr = 1; idnr < maxidentnr+1; idnr++)
|
||||
{
|
||||
|
||||
idents.SetType(idnr, (Identifications::ID_TYPE)pp_data[idnr]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
int offset = 2*maxidentnr+1;
|
||||
for(int idnr = 1; idnr < maxidentnr+1; idnr++)
|
||||
{
|
||||
int npairs = pp_data[maxidentnr+idnr];
|
||||
FlatArray<int> pairdata(2*npairs, &pp_data[offset]);
|
||||
offset += 2*npairs;
|
||||
for (int k = 0; k<npairs; k++) {
|
||||
PointIndex loc1 = glob2loc_vert_ht.Get(pairdata[2*k]);
|
||||
PointIndex loc2 = glob2loc_vert_ht.Get(pairdata[2*k+1]);
|
||||
idents.Add(loc1, loc2, idnr);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
Array<int> dist_pnums;
|
||||
MyMPI_Recv (dist_pnums, 0, MPI_TAG_MESH+1);
|
||||
|
||||
@ -694,7 +884,6 @@ namespace netgen
|
||||
tri.PNum(j) = glob2loc_vert_ht.Get (selbuf[ii++]);
|
||||
tri.GeomInfoPi(j).trignum = selbuf[ii++];
|
||||
}
|
||||
|
||||
paralleltop->SetLoc2Glob_SurfEl ( sel+1, globsel );
|
||||
AddSurfaceElement (tri);
|
||||
sel ++;
|
||||
@ -903,51 +1092,87 @@ namespace netgen
|
||||
LineSegment(i+1).SetPartition(epart[i+GetNE()+GetNSE()] + 1);
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
if (GetDimension() == 3)
|
||||
{
|
||||
|
||||
// surface elements attached to volume elements
|
||||
Array<bool, PointIndex::BASE> boundarypoints (GetNP());
|
||||
boundarypoints = false;
|
||||
|
||||
if(GetDimension() == 3)
|
||||
for (SurfaceElementIndex sei = 0; sei < GetNSE(); sei++)
|
||||
{
|
||||
const Element2d & el = (*this)[sei];
|
||||
for (int j = 0; j < el.GetNP(); j++)
|
||||
boundarypoints[el[j]] = true;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
for (SegmentIndex segi = 0; segi < GetNSeg(); segi++)
|
||||
{
|
||||
const Segment & seg = (*this)[segi];
|
||||
for (int j = 0; j < 2; j++)
|
||||
boundarypoints[seg[j]] = true;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// Build Pnt2Element table, boundary points only
|
||||
Array<int, PointIndex::BASE> cnt(GetNP());
|
||||
cnt = 0;
|
||||
for (ElementIndex ei = 0; ei < GetNE(); ei++)
|
||||
{
|
||||
const Element & el = (*this)[ei];
|
||||
for (int j = 0; j < el.GetNP(); j++)
|
||||
if (boundarypoints[el[j]])
|
||||
cnt[el[j]]++;
|
||||
}
|
||||
TABLE<ElementIndex, PointIndex::BASE> pnt2el(cnt);
|
||||
cnt = 0;
|
||||
for (ElementIndex ei = 0; ei < GetNE(); ei++)
|
||||
{
|
||||
const Element & el = (*this)[ei];
|
||||
for (int j = 0; j < el.GetNP(); j++)
|
||||
if (boundarypoints[el[j]])
|
||||
pnt2el.Add (el[j], ei);
|
||||
}
|
||||
|
||||
auto loop_els_2d = [&](auto f) {
|
||||
for (SurfaceElementIndex sei = 0; sei < GetNSE(); sei++)
|
||||
{
|
||||
const Element2d & el = (*this)[sei];
|
||||
cout << "surf-el " << sei << " verts: " << endl;
|
||||
for (int j = 0; j < el.GetNP(); j++) {
|
||||
cout << el[j] << " ";
|
||||
f(el[j], sei);
|
||||
}
|
||||
cout << endl;
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
auto loop_els_3d = [&](auto f) {
|
||||
for (ElementIndex ei = 0; ei < GetNE(); ei++)
|
||||
{
|
||||
const Element & el = (*this)[ei];
|
||||
for (int j = 0; j < el.GetNP(); j++)
|
||||
f(el[j], ei);
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
auto loop_els = [&](auto f)
|
||||
{
|
||||
if (GetDimension() == 3 )
|
||||
loop_els_3d(f);
|
||||
else
|
||||
loop_els_2d(f);
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
loop_els([&](auto vertex, int index)
|
||||
{
|
||||
if(boundarypoints[vertex])
|
||||
cnt[vertex]++;
|
||||
});
|
||||
cout << "count: " << endl << cnt << endl;
|
||||
TABLE<int, PointIndex::BASE> pnt2el(cnt);
|
||||
loop_els([&](auto vertex, int index)
|
||||
{
|
||||
if(boundarypoints[vertex])
|
||||
pnt2el.Add(vertex, index);
|
||||
});
|
||||
|
||||
|
||||
if (GetDimension() == 3)
|
||||
{
|
||||
for (SurfaceElementIndex sei = 0; sei < GetNSE(); sei++)
|
||||
{
|
||||
Element2d & sel = (*this)[sei];
|
||||
PointIndex pi1 = sel[0];
|
||||
FlatArray<ElementIndex> els = pnt2el[pi1];
|
||||
// FlatArray<ElementIndex> els = pnt2el[pi1];
|
||||
FlatArray<int> els = pnt2el[pi1];
|
||||
|
||||
sel.SetPartition (-1);
|
||||
|
||||
for (int j = 0; j < els.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
const Element & el = (*this)[els[j]];
|
||||
const Element & el = (*this)[ElementIndex(els[j])];
|
||||
|
||||
bool hasall = true;
|
||||
|
||||
@ -976,13 +1201,13 @@ namespace netgen
|
||||
{
|
||||
Segment & sel = (*this)[si];
|
||||
PointIndex pi1 = sel[0];
|
||||
FlatArray<ElementIndex> els = pnt2el[pi1];
|
||||
FlatArray<int> els = pnt2el[pi1];
|
||||
|
||||
sel.SetPartition (-1);
|
||||
|
||||
for (int j = 0; j < els.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
const Element & el = (*this)[els[j]];
|
||||
const Element & el = (*this)[ElementIndex(els[j])];
|
||||
|
||||
bool haspi[9] = { false }; // max surfnp
|
||||
|
||||
@ -1004,7 +1229,36 @@ namespace netgen
|
||||
if (sel.GetPartition() == -1)
|
||||
cerr << "no volume element found" << endl;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
for (SegmentIndex segi = 0; segi < GetNSeg(); segi++)
|
||||
{
|
||||
Segment & seg = (*this)[segi];
|
||||
seg.SetPartition(-1);
|
||||
PointIndex pi1 = seg[0];
|
||||
|
||||
FlatArray<int> sels = pnt2el[pi1];
|
||||
for (int j = 0; j < sels.Size(); j++)
|
||||
{
|
||||
SurfaceElementIndex sei = sels[j];
|
||||
Element2d & se = (*this)[sei];
|
||||
bool found = false;
|
||||
for (int l = 0; l < se.GetNP(); l++ && !found)
|
||||
found |= (se[l]==seg[1]);
|
||||
if(found) {
|
||||
seg.SetPartition(se.GetPartition());
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (seg.GetPartition() == -1) {
|
||||
cout << endl << "segi: " << segi << endl;
|
||||
cout << "points: " << seg[0] << " " << seg[1] << endl;
|
||||
cout << "surfels: " << endl << sels << endl;
|
||||
throw NgException("no surface element found");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
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