mirror of
https://github.com/NGSolve/netgen.git
synced 2024-12-26 05:50:32 +05:00
parallel mesh
This commit is contained in:
Joachim Schoeberl
parent
a19fe515b0
commit
672cea23ef
@ -725,8 +725,6 @@ namespace netgen
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/// distributes the master-mesh to local meshes
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void Distribute ();
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/// loads a mesh sent from master processor
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void ReceiveParallelMesh ();
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/// find connection to parallel meshes
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// void FindExchangePoints () ;
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@ -740,8 +738,15 @@ namespace netgen
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void PartDualHybridMesh (); // Array<int> & neloc );
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void PartDualHybridMesh2D (); // ( Array<int> & neloc );
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/// send mesh from master to local procs
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void SendRecvMesh ();
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/// send mesh to parallel machine, keep global mesh at master
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void SendMesh ( ) const; // Mesh * mastermesh, Array<int> & neloc) const;
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/// loads a mesh sent from master processor
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void ReceiveParallelMesh ();
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void UpdateOverlap ();
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@ -25,6 +25,68 @@ namespace netgen
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void Mesh :: SendRecvMesh ()
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{
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PrintMessage (1, "Send/Receive mesh");
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{
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// distribute global information
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int nelglob, nvglob;
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if (id == 0)
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{
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paralleltop -> SetNV (GetNV());
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paralleltop -> SetNE (GetNE());
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paralleltop -> SetNSegm (GetNSeg());
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paralleltop -> SetNSE (GetNSE());
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nelglob = GetNE();
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nvglob = GetNV();
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}
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MyMPI_Bcast (nelglob);
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MyMPI_Bcast (nvglob);
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if (id > 0)
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{
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paralleltop -> SetNEGlob (nelglob);
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paralleltop -> SetNVGlob (nvglob);
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}
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}
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{
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// distribute number of local elements
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if (id == 0)
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{
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Array<int> num_els_on_proc(ntasks);
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num_els_on_proc = 0;
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for (ElementIndex ei = 0; ei < GetNE(); ei++)
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num_els_on_proc[(*this)[ei].GetPartition()]++;
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||||
MPI_Scatter (&num_els_on_proc[0], 1, MPI_INT,
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MPI_IN_PLACE, -1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
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}
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||||
else
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{
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int nelloc;
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MPI_Scatter (NULL, 0, MPI_INT,
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&nelloc, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
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paralleltop -> SetNE (nelloc);
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}
|
||||
}
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|
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||||
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if (id == 0)
|
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SendMesh ();
|
||||
else
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||||
ReceiveParallelMesh();
|
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}
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// slaves receive the mesh from the master
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void Mesh :: ReceiveParallelMesh ( )
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@ -42,37 +104,12 @@ namespace netgen
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#pragma pomp inst begin(loadmesh)
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#endif
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// PrintMessage (1, "LOAD PARALLEL MESH");
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// MPI_Barrier (MPI_COMM_WORLD);
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string st;
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// double doublebuf[100];
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// int i, n;
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// int tag_dim = 10, tag_token = 100, tag_n=11, tag_pnum=12, tag_point=13;
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||||
// int tag_index = 101, tag_facedescr = 102;
|
||||
// MPI_Status status;
|
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||||
bool endmesh = false;
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// int dim;
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int nelglob, nelloc, nvglob, nedglob, nfaglob;
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// receive global values
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||||
MyMPI_Bcast (nelglob);
|
||||
MyMPI_Bcast (nvglob);
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MyMPI_Bcast (nedglob);
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MyMPI_Bcast (nfaglob);
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MyMPI_Bcast (dimension);
|
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||||
MyMPI_Recv (nelloc, 0);
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||||
paralleltop -> SetNVGlob (nvglob);
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paralleltop -> SetNEGlob (nelglob);
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INDEX_CLOSED_HASHTABLE<int> glob2loc_vert_ht (1);
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PrintMessage (1, "Receive mesh");
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|
||||
// int ve = 0;
|
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while (!endmesh)
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{
|
||||
@ -86,18 +123,13 @@ namespace netgen
|
||||
Array<int> verts;
|
||||
MyMPI_Recv (verts, 0);
|
||||
|
||||
// Array<double> pointarray;
|
||||
// MyMPI_Recv (pointarray, 0);
|
||||
|
||||
int numvert = verts.Size(); // pointarray.Size() / 5;
|
||||
int numvert = verts.Size();
|
||||
paralleltop -> SetNV (numvert);
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||||
|
||||
glob2loc_vert_ht.SetSize (3*numvert+1);
|
||||
|
||||
|
||||
for (int vert = 0; vert < numvert; vert++)
|
||||
{
|
||||
// int globvert = int (pointarray[ vert*5 ]);
|
||||
int globvert = verts[vert];
|
||||
paralleltop->SetLoc2Glob_Vert ( vert+1, globvert );
|
||||
glob2loc_vert_ht.Set (globvert, vert+1);
|
||||
@ -110,10 +142,6 @@ namespace netgen
|
||||
MPI_Status status;
|
||||
MPI_Recv( &points[1], numvert, mptype, 0, 33, MPI_COMM_WORLD, &status);
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
Array<int> dist_pnums;
|
||||
MyMPI_Recv (dist_pnums, 0);
|
||||
|
||||
@ -135,13 +163,7 @@ namespace netgen
|
||||
Array<int> elarray;
|
||||
MyMPI_Recv (elarray, 0);
|
||||
|
||||
int ind = 0;
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||||
int elnum = 1;
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||||
int nelloc = elarray[ind++];
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||||
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||||
paralleltop -> SetNE (nelloc);
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||||
while (ind < elarray.Size())
|
||||
for (int ind = 0, elnum = 1; ind < elarray.Size(); elnum++)
|
||||
{
|
||||
paralleltop->SetLoc2Glob_VolEl ( elnum, elarray[ind++]);
|
||||
|
||||
@ -152,10 +174,10 @@ namespace netgen
|
||||
el[j] = glob2loc_vert_ht.Get (elarray[ind++]);
|
||||
|
||||
AddVolumeElement (el);
|
||||
elnum++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
if (strcmp (st.c_str(), "facedescriptor") == 0)
|
||||
{
|
||||
Array<double> doublebuf;
|
||||
@ -271,13 +293,6 @@ namespace netgen
|
||||
(*testout) << "Receiving Time fde = " << double(endtime - starttime)/CLOCKS_PER_SEC << endl;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/*
|
||||
for ( int eli = 1; eli < GetNE(); eli++ )
|
||||
{
|
||||
Element & el = VolumeElement(eli);
|
||||
}
|
||||
*/
|
||||
|
||||
|
||||
if (strcmp (st.c_str(), "endmesh") == 0)
|
||||
{
|
||||
@ -286,18 +301,6 @@ namespace netgen
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// ohne diesem Zusammenwarten gibts Abstürze, und ich weiß nicht warum ???
|
||||
// MPI_Barrier (MPI_COMM_WORLD);
|
||||
// PrintMessage (1, "Have recevied the mesh");
|
||||
// MPI_Barrier (MPI_COMM_WORLD);
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||||
|
||||
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||||
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||||
// paralleltop -> SetNV ( this -> GetNV() );
|
||||
// for ( int i = 0; i < GetNV(); i++ )
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||||
// paralleltop -> SetLoc2Glob_Vert ( i+1, (*loc2globvert)[i] );
|
||||
|
||||
|
||||
int timerloc = NgProfiler::CreateTimer ("Update local mesh");
|
||||
int timerloc2 = NgProfiler::CreateTimer ("CalcSurfacesOfNode");
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|
||||
@ -310,11 +313,8 @@ namespace netgen
|
||||
|
||||
NgProfiler::StopTimer (timerloc2);
|
||||
|
||||
// BuildConnectedNodes ();
|
||||
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||||
topology -> Update();
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||||
// UpdateOverlap();
|
||||
clusters -> Update();
|
||||
|
||||
SetNextMajorTimeStamp();
|
||||
@ -358,17 +358,15 @@ namespace netgen
|
||||
*testout << "sel(" << int(ei) << ") is in part " << (*this)[ei].GetPartition() << endl;
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||||
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||||
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||||
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#ifdef SCALASCA
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#pragma pomp inst end(metis)
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||||
#endif
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||||
// send partition
|
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SendMesh ();
|
||||
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
MyMPI_Send ("mesh", dest);
|
||||
SendRecvMesh ();
|
||||
|
||||
|
||||
paralleltop -> UpdateCoarseGrid();
|
||||
@ -817,56 +815,23 @@ namespace netgen
|
||||
{
|
||||
const Mesh * mastermesh = this; // the original plan was different
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 1, "Sending Mesh to local processors" );
|
||||
|
||||
|
||||
clock_t starttime, endtime;
|
||||
starttime = clock();
|
||||
|
||||
|
||||
paralleltop -> SetNV ( GetNV() );
|
||||
paralleltop -> SetNE ( GetNE() );
|
||||
paralleltop -> SetNSegm ( GetNSeg() );
|
||||
paralleltop -> SetNSE ( GetNSE() );
|
||||
|
||||
|
||||
MPI_Request sendrequest[ntasks];
|
||||
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
MyMPI_Send ("mesh", dest);
|
||||
|
||||
|
||||
int nel = GetNE();
|
||||
int nv = GetNV();
|
||||
int nedges = GetTopology().GetNEdges();
|
||||
int nfaces = GetTopology().GetNFaces();
|
||||
int dim = dimension;
|
||||
|
||||
MyMPI_Bcast (nel);
|
||||
MyMPI_Bcast (nv);
|
||||
MyMPI_Bcast (nedges);
|
||||
MyMPI_Bcast (nfaces);
|
||||
MyMPI_Bcast (dim);
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
Array<int> num_els_on_proc(ntasks);
|
||||
num_els_on_proc = 0;
|
||||
for (ElementIndex ei = 0; ei < GetNE(); ei++)
|
||||
num_els_on_proc[(*this)[ei].GetPartition()]++;
|
||||
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
MyMPI_Send (num_els_on_proc[dest], dest);
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
// get number of vertices for each processor
|
||||
Array<int> elarraysize (ntasks);
|
||||
Array<int> nelloc (ntasks);
|
||||
|
||||
nelloc = 0;
|
||||
elarraysize = 1;
|
||||
// elarraysize = 1;
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending vertices");
|
||||
|
||||
@ -904,7 +869,7 @@ namespace netgen
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
elarraysize[dest] += 3 + el.GetNP();
|
||||
// elarraysize[dest] += 3 + el.GetNP();
|
||||
nelloc[dest] ++;
|
||||
paralleltop -> SetDistantEl ( dest, els[hi]+1, nelloc[dest] );
|
||||
}
|
||||
@ -918,14 +883,13 @@ namespace netgen
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
{
|
||||
FlatArray<ElementIndex> els = els_of_proc[dest];
|
||||
|
||||
for (int hi = 0; hi < els.Size(); hi++)
|
||||
{
|
||||
const Element & el = (*mastermesh) [ els[hi] ];
|
||||
const Element & el = (*this) [ els[hi] ];
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < el.GetNP(); i++)
|
||||
{
|
||||
PointIndex epi = el.PNum(i+1);
|
||||
PointIndex epi = el[i];
|
||||
if (vert_flag[epi] < dest)
|
||||
{
|
||||
vert_flag[epi] = dest;
|
||||
@ -946,13 +910,11 @@ namespace netgen
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
{
|
||||
FlatArray<PointIndex> verts = verts_of_proc[dest];
|
||||
|
||||
MyMPI_Send ("vertex", dest);
|
||||
|
||||
MyMPI_ISend (verts, dest);
|
||||
|
||||
MPI_Datatype mptype = MeshPoint::MyGetMPIType();
|
||||
@ -1014,48 +976,45 @@ namespace netgen
|
||||
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending elements" );
|
||||
TABLE<int> elementarrays(elarraysize);
|
||||
|
||||
starttime = clock();
|
||||
|
||||
// for ( int dest = 1; dest < ntasks; dest ++ )
|
||||
// MyMPI_Send ( "volumeelements", dest);
|
||||
Array<int> elarraysize (ntasks);
|
||||
elarraysize = 0;
|
||||
for ( int ei = 1; ei <= mastermesh->GetNE(); ei++)
|
||||
{
|
||||
const Element & el = mastermesh -> VolumeElement (ei);
|
||||
int dest = el.GetPartition();
|
||||
elarraysize[dest] += 3 + el.GetNP();
|
||||
}
|
||||
|
||||
for ( int dest = 1; dest < ntasks; dest++ )
|
||||
elementarrays.Add (dest, nelloc[dest]);
|
||||
TABLE<int> elementarrays(elarraysize);
|
||||
|
||||
for ( int ei = 1; ei <= mastermesh->GetNE(); ei++)
|
||||
{
|
||||
const Element & el = mastermesh -> VolumeElement (ei);
|
||||
int dest = el.GetPartition();
|
||||
|
||||
if ( dest > 0 )
|
||||
{
|
||||
// send volume element
|
||||
|
||||
elementarrays.Add (dest, ei); //
|
||||
elementarrays.Add (dest, ei);
|
||||
elementarrays.Add (dest, el.GetIndex());
|
||||
elementarrays.Add (dest, el.GetNP());
|
||||
for ( int ii=0; ii<el.GetNP(); ii++)
|
||||
elementarrays.Add (dest, el[ii]);
|
||||
}
|
||||
for (int i = 0; i < el.GetNP(); i++)
|
||||
elementarrays.Add (dest, el[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
for ( int dest = 1; dest < ntasks; dest ++ )
|
||||
for (int dest = 1; dest < ntasks; dest ++ )
|
||||
{
|
||||
MyMPI_Send ( "volumeelements", dest);
|
||||
MyMPI_ISend ( elementarrays[dest], dest, sendrequest[dest] );
|
||||
}
|
||||
|
||||
// for (int dest = 1; dest < ntasks; dest++)
|
||||
// MPI_Request_free (&sendrequest[dest]);
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
endtime = clock();
|
||||
(*testout) << "Sending Time els = " << double(endtime - starttime)/CLOCKS_PER_SEC << endl;
|
||||
starttime = clock();
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending Face Descriptors" );
|
||||
|
||||
|
||||
@ -1079,13 +1038,8 @@ namespace netgen
|
||||
(*testout) << "Sending Time fdi = " << double(endtime - starttime)/CLOCKS_PER_SEC << endl;
|
||||
starttime = clock();
|
||||
|
||||
// hasglobalsurf( edgenr * ntasks + dest ) .... global edge edgenr is in mesh at dest
|
||||
// BitArray hasglobaledge;
|
||||
|
||||
// hasglobaledge.SetSize(ntasks * nedglob);
|
||||
// hasglobaledge.Clear();
|
||||
// cout << "mmf " << mastermesh->GetTopology().GetNFaces() << endl;
|
||||
// determine sizes of local surface element arrays
|
||||
|
||||
|
||||
PrintMessage ( 3, "Sending Surface elements" );
|
||||
|
||||
@ -1325,6 +1279,9 @@ namespace netgen
|
||||
|
||||
void Mesh :: UpdateOverlap()
|
||||
{
|
||||
cout << "UpdateOverlap depreciated" << endl;
|
||||
|
||||
#ifdef OLDOLD
|
||||
(*testout) << "UPDATE OVERLAP" << endl;
|
||||
Array<int> * globelnums;
|
||||
|
||||
@ -1921,6 +1878,9 @@ namespace netgen
|
||||
;
|
||||
#ifdef SCALASCA
|
||||
#pragma pomp inst end(updateoverlap)
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -9,6 +9,10 @@ namespace netgen
|
||||
{
|
||||
|
||||
|
||||
MPI_Group MPI_HIGHORDER_WORLD;
|
||||
MPI_Comm MPI_HIGHORDER_COMM;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
void ParallelMeshTopology :: Reset ()
|
||||
{
|
||||
@ -567,6 +571,20 @@ namespace netgen
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
MPI_Group MPI_GROUP_WORLD;
|
||||
|
||||
int n_ho = netgen::ntasks - 1;
|
||||
int * process_ranks = new int[netgen::ntasks-1];
|
||||
for ( int i = 0; i < netgen::ntasks-1; i++ )
|
||||
process_ranks[i] = i+1;
|
||||
|
||||
MPI_Comm_group ( MPI_COMM_WORLD, &MPI_GROUP_WORLD);
|
||||
MPI_Group_incl ( MPI_GROUP_WORLD, n_ho, process_ranks, & MPI_HIGHORDER_WORLD);
|
||||
MPI_Comm_create ( MPI_COMM_WORLD, MPI_HIGHORDER_WORLD, & MPI_HIGHORDER_COMM);
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
int timer = NgProfiler::CreateTimer ("UpdateCoarseGridGlobal");
|
||||
NgProfiler::RegionTimer reg(timer);
|
||||
|
||||
|
||||
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