mirror of
https://github.com/NGSolve/netgen.git
synced 2024-12-26 22:00:33 +05:00
Merge branch 'use_new_btree' into 'master'
Use new BoxTree, activate search tree in STLBoundary See merge request jschoeberl/netgen!259
This commit is contained in:
commit
a4c7ea24b5
@ -741,55 +741,167 @@ public:
|
|||||||
const ADTree3 & Tree() const { return *tree; };
|
const ADTree3 & Tree() const { return *tree; };
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
template<int dim, typename T=INDEX>
|
template<int dim, typename T=INDEX>
|
||||||
class BoxTree
|
class BoxTree
|
||||||
{
|
{
|
||||||
T_ADTree<2*dim,T> * tree;
|
|
||||||
Point<dim> boxpmin, boxpmax;
|
|
||||||
public:
|
public:
|
||||||
BoxTree (const Box<dim> & abox)
|
// Number of entries per leaf
|
||||||
|
static constexpr int N = 100;
|
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|
|
||||||
|
struct Node;
|
||||||
|
|
||||||
|
struct Leaf
|
||||||
{
|
{
|
||||||
boxpmin = abox.PMin();
|
Point<2*dim> p[N];
|
||||||
boxpmax = abox.PMax();
|
T index[N];
|
||||||
|
int n_elements;
|
||||||
|
|
||||||
|
Leaf() : n_elements(0)
|
||||||
|
{ }
|
||||||
|
|
||||||
|
void Add( ClosedHashTable<T, Leaf*> &leaf_index, const Point<2*dim> &ap, T aindex )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
p[n_elements] = ap;
|
||||||
|
index[n_elements] = aindex;
|
||||||
|
n_elements++;
|
||||||
|
leaf_index[aindex] = this;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
struct Node
|
||||||
|
{
|
||||||
|
union
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Node *children[2];
|
||||||
|
Leaf *leaf;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
double sep;
|
||||||
|
int level;
|
||||||
|
|
||||||
|
Node()
|
||||||
|
: children{nullptr,nullptr}
|
||||||
|
{ }
|
||||||
|
|
||||||
|
~Node()
|
||||||
|
{ }
|
||||||
|
|
||||||
|
Leaf *GetLeaf() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return children[1] ? nullptr : leaf;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
Node root;
|
||||||
|
|
||||||
|
ClosedHashTable<T, Leaf*> leaf_index;
|
||||||
|
|
||||||
|
Point<dim> global_min, global_max;
|
||||||
|
double tol;
|
||||||
|
size_t n_leaves;
|
||||||
|
size_t n_nodes;
|
||||||
|
BlockAllocator ball_nodes;
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|
BlockAllocator ball_leaves;
|
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|
public:
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||||||
|
|
||||||
|
BoxTree (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax)
|
||||||
|
: global_min(pmin), global_max(pmax), n_leaves(1), n_nodes(1), ball_nodes(sizeof(Node)), ball_leaves(sizeof(Leaf))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
root.leaf = (Leaf*) ball_leaves.Alloc(); new (root.leaf) Leaf();
|
||||||
|
root.level = 0;
|
||||||
|
tol = 1e-7 * Dist(pmax, pmin);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
BoxTree (const Box<dim> & box)
|
||||||
|
: BoxTree(box.PMin(), box.PMax())
|
||||||
|
{ }
|
||||||
|
|
||||||
|
size_t GetNLeaves()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return n_leaves;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
size_t GetNNodes()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return n_nodes;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename TFunc>
|
||||||
|
void GetFirstIntersecting (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax,
|
||||||
|
TFunc func=[](auto pi){return false;}) const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// static Timer timer("BoxTree::GetIntersecting"); RegionTimer rt(timer);
|
||||||
|
// static Timer timer1("BoxTree::GetIntersecting-LinearSearch");
|
||||||
|
ArrayMem<const Node*, 100> stack;
|
||||||
|
ArrayMem<int, 100> dir_stack;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Point<2*dim> tpmin, tpmax;
|
Point<2*dim> tpmin, tpmax;
|
||||||
for (int i = 0; i < dim; i++)
|
|
||||||
|
for (size_t i : IntRange(dim))
|
||||||
{
|
{
|
||||||
tpmin(i) = tpmin(i+dim) = boxpmin(i);
|
tpmin(i) = global_min(i);
|
||||||
tpmax(i) = tpmax(i+dim) = boxpmax(i);
|
tpmax(i) = pmax(i)+tol;
|
||||||
}
|
|
||||||
tree = new T_ADTree<2*dim,T> (tpmin, tpmax);
|
tpmin(i+dim) = pmin(i)-tol;
|
||||||
|
tpmax(i+dim) = global_max(i);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
BoxTree (const Point<dim> & apmin, const Point<dim> & apmax)
|
stack.SetSize(0);
|
||||||
|
stack.Append(&root);
|
||||||
|
dir_stack.SetSize(0);
|
||||||
|
dir_stack.Append(0);
|
||||||
|
|
||||||
|
while(stack.Size())
|
||||||
{
|
{
|
||||||
boxpmin = apmin;
|
const Node *node = stack.Last();
|
||||||
boxpmax = apmax;
|
stack.DeleteLast();
|
||||||
Point<2*dim> tpmin, tpmax;
|
|
||||||
for (int i = 0; i < dim; i++)
|
int dir = dir_stack.Last();
|
||||||
|
dir_stack.DeleteLast();
|
||||||
|
|
||||||
|
if(Leaf *leaf = node->GetLeaf())
|
||||||
{
|
{
|
||||||
tpmin(i) = tpmin(i+dim) = boxpmin(i);
|
// RegionTimer rt1(timer1);
|
||||||
tpmax(i) = tpmax(i+dim) = boxpmax(i);
|
for (auto i : IntRange(leaf->n_elements))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
bool intersect = true;
|
||||||
|
const auto p = leaf->p[i];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int d = 0; d < dim; d++)
|
||||||
|
if (p[d] > tpmax[d])
|
||||||
|
intersect = false;
|
||||||
|
for (int d = dim; d < 2*dim; d++)
|
||||||
|
if (p[d] < tpmin[d])
|
||||||
|
intersect = false;
|
||||||
|
if(intersect)
|
||||||
|
if(func(leaf->index[i])) return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int newdir = dir+1;
|
||||||
|
if(newdir==2*dim) newdir = 0;
|
||||||
|
if (tpmin[dir] <= node->sep)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
stack.Append(node->children[0]);
|
||||||
|
dir_stack.Append(newdir);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (tpmax[dir] >= node->sep)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
stack.Append(node->children[1]);
|
||||||
|
dir_stack.Append(newdir);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
tree = new T_ADTree<2*dim,T> (tpmin, tpmax);
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
~BoxTree ()
|
void GetIntersecting (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax,
|
||||||
|
NgArray<T> & pis) const
|
||||||
{
|
{
|
||||||
delete tree;
|
pis.SetSize(0);
|
||||||
}
|
GetFirstIntersecting(pmin, pmax, [&pis](auto pi) { pis.Append(pi); return false;});
|
||||||
|
|
||||||
void Insert (const Point<dim> & bmin, const Point<dim> & bmax, T pi)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Point<2*dim> tp;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (size_t i = 0; i < dim; i++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
tp(i) = bmin(i);
|
|
||||||
tp(i+dim) = bmax(i);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
tree->Insert (tp, pi);
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
void Insert (const Box<dim> & box, T pi)
|
void Insert (const Box<dim> & box, T pi)
|
||||||
@ -797,34 +909,188 @@ public:
|
|||||||
Insert (box.PMin(), box.PMax(), pi);
|
Insert (box.PMin(), box.PMax(), pi);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void Insert (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax, T pi)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// static Timer timer("BoxTree::Insert"); RegionTimer rt(timer);
|
||||||
|
int dir = 0;
|
||||||
|
Point<2*dim> p;
|
||||||
|
for (auto i : IntRange(dim))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
p(i) = pmin[i];
|
||||||
|
p(i+dim) = pmax[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Node * node = &root;
|
||||||
|
Leaf * leaf = node->GetLeaf();
|
||||||
|
|
||||||
|
// search correct leaf to add point
|
||||||
|
while(!leaf)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
node = p[dir] < node->sep ? node->children[0] : node->children[1];
|
||||||
|
dir++;
|
||||||
|
if(dir==2*dim) dir = 0;
|
||||||
|
leaf = node->GetLeaf();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// add point to leaf
|
||||||
|
if(leaf->n_elements < N)
|
||||||
|
leaf->Add(leaf_index, p,pi);
|
||||||
|
else // assume leaf->n_elements == N
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// add two new nodes and one new leaf
|
||||||
|
int n_elements = leaf->n_elements;
|
||||||
|
ArrayMem<double, N> coords(n_elements);
|
||||||
|
ArrayMem<int, N> order(n_elements);
|
||||||
|
|
||||||
|
// separate points in two halves, first sort all coordinates in direction dir
|
||||||
|
for (auto i : IntRange(n_elements))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
order[i] = i;
|
||||||
|
coords[i] = leaf->p[i][dir];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
QuickSortI(coords, order);
|
||||||
|
int isplit = N/2;
|
||||||
|
Leaf *leaf1 = (Leaf*) ball_leaves.Alloc(); new (leaf1) Leaf();
|
||||||
|
Leaf *leaf2 = (Leaf*) ball_leaves.Alloc(); new (leaf2) Leaf();
|
||||||
|
|
||||||
|
for (auto i : order.Range(isplit))
|
||||||
|
leaf1->Add(leaf_index, leaf->p[i], leaf->index[i] );
|
||||||
|
for (auto i : order.Range(isplit, N))
|
||||||
|
leaf2->Add(leaf_index, leaf->p[i], leaf->index[i] );
|
||||||
|
|
||||||
|
Node *node1 = (Node*) ball_nodes.Alloc(); new (node1) Node();
|
||||||
|
node1->leaf = leaf1;
|
||||||
|
node1->level = node->level+1;
|
||||||
|
|
||||||
|
Node *node2 = (Node*) ball_nodes.Alloc(); new (node2) Node();
|
||||||
|
node2->leaf = leaf2;
|
||||||
|
node2->level = node->level+1;
|
||||||
|
|
||||||
|
node->children[0] = node1;
|
||||||
|
node->children[1] = node2;
|
||||||
|
node->sep = 0.5 * (leaf->p[order[isplit-1]][dir] + leaf->p[order[isplit]][dir]);
|
||||||
|
|
||||||
|
// add new point to one of the new leaves
|
||||||
|
if (p[dir] < node->sep)
|
||||||
|
leaf1->Add( leaf_index, p, pi );
|
||||||
|
else
|
||||||
|
leaf2->Add( leaf_index, p, pi );
|
||||||
|
|
||||||
|
ball_leaves.Free(leaf);
|
||||||
|
n_leaves++;
|
||||||
|
n_nodes+=2;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
void DeleteElement (T pi)
|
void DeleteElement (T pi)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
tree->DeleteElement(pi);
|
// static Timer timer("BoxTree::DeleteElement"); RegionTimer rt(timer);
|
||||||
}
|
Leaf *leaf = leaf_index[pi];
|
||||||
|
leaf_index.Delete(pi);
|
||||||
|
auto & n_elements = leaf->n_elements;
|
||||||
|
auto & index = leaf->index;
|
||||||
|
auto & p = leaf->p;
|
||||||
|
|
||||||
void GetIntersecting (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax,
|
for (auto i : IntRange(n_elements))
|
||||||
NgArray<T> & pis) const
|
|
||||||
{
|
{
|
||||||
Point<2*dim> tpmin, tpmax;
|
if(index[i] == pi)
|
||||||
double tol = Tolerance();
|
|
||||||
for (size_t i = 0; i < dim; i++)
|
|
||||||
{
|
{
|
||||||
tpmin(i) = boxpmin(i);
|
n_elements--;
|
||||||
tpmax(i) = pmax(i)+tol;
|
if(i!=n_elements)
|
||||||
|
{
|
||||||
tpmin(i+dim) = pmin(i)-tol;
|
index[i] = index[n_elements];
|
||||||
tpmax(i+dim) = boxpmax(i);
|
p[i] = p[n_elements];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
tree->GetIntersecting (tpmin, tpmax, pis);
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
double Tolerance() const { return 1e-7 * Dist(boxpmax, boxpmin); } // single precision
|
|
||||||
const auto & Tree() const { return *tree; };
|
|
||||||
auto & Tree() { return *tree; };
|
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
// template <int dim, typename T = INDEX>
|
||||||
|
// class BoxTree
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// T_ADTree<2*dim,T> * tree;
|
||||||
|
// Point<dim> boxpmin, boxpmax;
|
||||||
|
// public:
|
||||||
|
// BoxTree (const Box<dim> & abox)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// boxpmin = abox.PMin();
|
||||||
|
// boxpmax = abox.PMax();
|
||||||
|
// Point<2*dim> tpmin, tpmax;
|
||||||
|
// for (int i = 0; i < dim; i++)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// tpmin(i) = tpmin(i+dim) = boxpmin(i);
|
||||||
|
// tpmax(i) = tpmax(i+dim) = boxpmax(i);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
// tree = new T_ADTree<2*dim,T> (tpmin, tpmax);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// BoxTree (const Point<dim> & apmin, const Point<dim> & apmax)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// boxpmin = apmin;
|
||||||
|
// boxpmax = apmax;
|
||||||
|
// Point<2*dim> tpmin, tpmax;
|
||||||
|
// for (int i = 0; i < dim; i++)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// tpmin(i) = tpmin(i+dim) = boxpmin(i);
|
||||||
|
// tpmax(i) = tpmax(i+dim) = boxpmax(i);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
// tree = new T_ADTree<2*dim,T> (tpmin, tpmax);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// ~BoxTree ()
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// delete tree;
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// void Insert (const Point<dim> & bmin, const Point<dim> & bmax, T pi)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// Point<2*dim> tp;
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// for (size_t i = 0; i < dim; i++)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// tp(i) = bmin(i);
|
||||||
|
// tp(i+dim) = bmax(i);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// tree->Insert (tp, pi);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// void Insert (const Box<dim> & box, T pi)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// Insert (box.PMin(), box.PMax(), pi);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// void DeleteElement (T pi)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// tree->DeleteElement(pi);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// void GetIntersecting (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax,
|
||||||
|
// NgArray<T> & pis) const
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// Point<2*dim> tpmin, tpmax;
|
||||||
|
// double tol = Tolerance();
|
||||||
|
// for (size_t i = 0; i < dim; i++)
|
||||||
|
// {
|
||||||
|
// tpmin(i) = boxpmin(i);
|
||||||
|
// tpmax(i) = pmax(i)+tol;
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// tpmin(i+dim) = pmin(i)-tol;
|
||||||
|
// tpmax(i+dim) = boxpmax(i);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// tree->GetIntersecting (tpmin, tpmax, pis);
|
||||||
|
// }
|
||||||
|
//
|
||||||
|
//
|
||||||
|
// double Tolerance() const { return 1e-7 * Dist(boxpmax, boxpmin); } // single precision
|
||||||
|
// const auto & Tree() const { return *tree; };
|
||||||
|
// auto & Tree() { return *tree; };
|
||||||
|
// };
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
#endif
|
||||||
|
@ -5,265 +5,6 @@
|
|||||||
namespace netgen
|
namespace netgen
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
|
||||||
template<int dim, typename T=INDEX>
|
|
||||||
class BTree
|
|
||||||
{
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
// Number of entries per leaf
|
|
||||||
static constexpr int N = 100;
|
|
||||||
|
|
||||||
struct Node;
|
|
||||||
|
|
||||||
struct Leaf
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Point<2*dim> p[N];
|
|
||||||
T index[N];
|
|
||||||
int n_elements;
|
|
||||||
|
|
||||||
Leaf() : n_elements(0) {}
|
|
||||||
|
|
||||||
void Add( Array<Leaf*, INDEX> &leaf_index, const Point<2*dim> &ap, T aindex )
|
|
||||||
{
|
|
||||||
p[n_elements] = ap;
|
|
||||||
index[n_elements] = aindex;
|
|
||||||
n_elements++;
|
|
||||||
if(leaf_index.Size()<=aindex)
|
|
||||||
leaf_index.SetSize(2*aindex);
|
|
||||||
leaf_index[aindex] = this;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
struct Node
|
|
||||||
{
|
|
||||||
union
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Node *children[2];
|
|
||||||
Leaf *leaf;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
double sep;
|
|
||||||
int level;
|
|
||||||
|
|
||||||
Node()
|
|
||||||
: children{nullptr,nullptr}
|
|
||||||
{ }
|
|
||||||
|
|
||||||
~Node()
|
|
||||||
{ }
|
|
||||||
|
|
||||||
Leaf *GetLeaf() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return children[1] ? nullptr : leaf;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
private:
|
|
||||||
Node root;
|
|
||||||
Array<Leaf*, INDEX> leaf_index;
|
|
||||||
Point<dim> global_min, global_max;
|
|
||||||
double tol;
|
|
||||||
size_t n_leaves;
|
|
||||||
size_t n_nodes;
|
|
||||||
BlockAllocator ball_nodes;
|
|
||||||
BlockAllocator ball_leaves;
|
|
||||||
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
|
|
||||||
BTree (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax)
|
|
||||||
: global_min(pmin), global_max(pmax), n_leaves(1), n_nodes(1), ball_nodes(sizeof(Node)), ball_leaves(sizeof(Leaf))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
root.leaf = (Leaf*) ball_leaves.Alloc(); new (root.leaf) Leaf();
|
|
||||||
root.level = 0;
|
|
||||||
tol = 1e-7 * Dist(pmax, pmin);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
size_t GetNLeaves()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return n_leaves;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
size_t GetNNodes()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return n_nodes;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
template<typename TFunc>
|
|
||||||
void GetFirstIntersecting (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax,
|
|
||||||
TFunc func=[](auto pi){return false;}) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// static Timer timer("BTree::GetIntersecting"); RegionTimer rt(timer);
|
|
||||||
// static Timer timer1("BTree::GetIntersecting-LinearSearch");
|
|
||||||
static Array<const Node*> stack(1000);
|
|
||||||
static Array<int> dir_stack(1000);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Point<2*dim> tpmin, tpmax;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (size_t i : IntRange(dim))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
tpmin(i) = global_min(i);
|
|
||||||
tpmax(i) = pmax(i)+tol;
|
|
||||||
|
|
||||||
tpmin(i+dim) = pmin(i)-tol;
|
|
||||||
tpmax(i+dim) = global_max(i);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
stack.SetSize(0);
|
|
||||||
stack.Append(&root);
|
|
||||||
dir_stack.SetSize(0);
|
|
||||||
dir_stack.Append(0);
|
|
||||||
|
|
||||||
while(stack.Size())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const Node *node = stack.Last();
|
|
||||||
stack.DeleteLast();
|
|
||||||
|
|
||||||
int dir = dir_stack.Last();
|
|
||||||
dir_stack.DeleteLast();
|
|
||||||
|
|
||||||
if(Leaf *leaf = node->GetLeaf())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// RegionTimer rt1(timer1);
|
|
||||||
for (auto i : IntRange(leaf->n_elements))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
bool intersect = true;
|
|
||||||
const auto p = leaf->p[i];
|
|
||||||
|
|
||||||
for (int d = 0; d < dim; d++)
|
|
||||||
if (p[d] > tpmax[d])
|
|
||||||
intersect = false;
|
|
||||||
for (int d = dim; d < 2*dim; d++)
|
|
||||||
if (p[d] < tpmin[d])
|
|
||||||
intersect = false;
|
|
||||||
if(intersect)
|
|
||||||
if(func(leaf->index[i])) return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int newdir = dir+1;
|
|
||||||
if(newdir==2*dim) newdir = 0;
|
|
||||||
if (tpmin[dir] <= node->sep)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
stack.Append(node->children[0]);
|
|
||||||
dir_stack.Append(newdir);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (tpmax[dir] >= node->sep)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
stack.Append(node->children[1]);
|
|
||||||
dir_stack.Append(newdir);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void GetIntersecting (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax,
|
|
||||||
NgArray<T> & pis) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
pis.SetSize(0);
|
|
||||||
GetFirstIntersecting(pmin, pmax, [&pis](auto pi) { pis.Append(pi); return false;});
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void Insert (const Point<dim> & pmin, const Point<dim> & pmax, T pi)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// static Timer timer("BTree::Insert"); RegionTimer rt(timer);
|
|
||||||
int dir = 0;
|
|
||||||
Point<2*dim> p;
|
|
||||||
for (auto i : IntRange(dim))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
p(i) = pmin[i];
|
|
||||||
p(i+dim) = pmax[i];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
Node * node = &root;
|
|
||||||
Leaf * leaf = node->GetLeaf();
|
|
||||||
|
|
||||||
// search correct leaf to add point
|
|
||||||
while(!leaf)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
node = p[dir] < node->sep ? node->children[0] : node->children[1];
|
|
||||||
dir++;
|
|
||||||
if(dir==2*dim) dir = 0;
|
|
||||||
leaf = node->GetLeaf();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// add point to leaf
|
|
||||||
if(leaf->n_elements < N)
|
|
||||||
leaf->Add(leaf_index, p,pi);
|
|
||||||
else // assume leaf->n_elements == N
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// add two new nodes and one new leaf
|
|
||||||
int n_elements = leaf->n_elements;
|
|
||||||
ArrayMem<double, N> coords(n_elements);
|
|
||||||
ArrayMem<int, N> order(n_elements);
|
|
||||||
|
|
||||||
// separate points in two halves, first sort all coordinates in direction dir
|
|
||||||
for (auto i : IntRange(n_elements))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
order[i] = i;
|
|
||||||
coords[i] = leaf->p[i][dir];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
QuickSortI(coords, order);
|
|
||||||
int isplit = N/2;
|
|
||||||
Leaf *leaf1 = (Leaf*) ball_leaves.Alloc(); new (leaf1) Leaf();
|
|
||||||
Leaf *leaf2 = (Leaf*) ball_leaves.Alloc(); new (leaf2) Leaf();
|
|
||||||
|
|
||||||
for (auto i : order.Range(isplit))
|
|
||||||
leaf1->Add(leaf_index, leaf->p[i], leaf->index[i] );
|
|
||||||
for (auto i : order.Range(isplit, N))
|
|
||||||
leaf2->Add(leaf_index, leaf->p[i], leaf->index[i] );
|
|
||||||
|
|
||||||
Node *node1 = (Node*) ball_nodes.Alloc(); new (node1) Node();
|
|
||||||
node1->leaf = leaf1;
|
|
||||||
node1->level = node->level+1;
|
|
||||||
|
|
||||||
Node *node2 = (Node*) ball_nodes.Alloc(); new (node2) Node();
|
|
||||||
node2->leaf = leaf2;
|
|
||||||
node2->level = node->level+1;
|
|
||||||
|
|
||||||
node->children[0] = node1;
|
|
||||||
node->children[1] = node2;
|
|
||||||
node->sep = 0.5 * (leaf->p[order[isplit-1]][dir] + leaf->p[order[isplit]][dir]);
|
|
||||||
|
|
||||||
// add new point to one of the new leaves
|
|
||||||
if (p[dir] < node->sep)
|
|
||||||
leaf1->Add( leaf_index, p, pi );
|
|
||||||
else
|
|
||||||
leaf2->Add( leaf_index, p, pi );
|
|
||||||
|
|
||||||
ball_leaves.Free(leaf);
|
|
||||||
n_leaves++;
|
|
||||||
n_nodes+=2;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void DeleteElement (T pi)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// static Timer timer("BTree::DeleteElement"); RegionTimer rt(timer);
|
|
||||||
Leaf *leaf = leaf_index[pi];
|
|
||||||
auto & n_elements = leaf->n_elements;
|
|
||||||
auto & index = leaf->index;
|
|
||||||
auto & p = leaf->p;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (auto i : IntRange(n_elements))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if(index[i] == pi)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
n_elements--;
|
|
||||||
if(i!=n_elements)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
index[i] = index[n_elements];
|
|
||||||
p[i] = p[n_elements];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
typedef BTree<3> TBoxTree;
|
|
||||||
// typedef BoxTree<3> TBoxTree;
|
|
||||||
|
|
||||||
static const int deltetfaces[][3] =
|
static const int deltetfaces[][3] =
|
||||||
{ { 1, 2, 3 },
|
{ { 1, 2, 3 },
|
||||||
{ 2, 0, 3 },
|
{ 2, 0, 3 },
|
||||||
@ -486,7 +227,7 @@ namespace netgen
|
|||||||
void AddDelaunayPoint (PointIndex newpi, const Point3d & newp,
|
void AddDelaunayPoint (PointIndex newpi, const Point3d & newp,
|
||||||
NgArray<DelaunayTet> & tempels,
|
NgArray<DelaunayTet> & tempels,
|
||||||
Mesh & mesh,
|
Mesh & mesh,
|
||||||
TBoxTree & tettree,
|
BoxTree<3> & tettree,
|
||||||
MeshNB & meshnb,
|
MeshNB & meshnb,
|
||||||
NgArray<Point<3> > & centers, NgArray<double> & radi2,
|
NgArray<Point<3> > & centers, NgArray<double> & radi2,
|
||||||
NgArray<int> & connected, NgArray<int> & treesearch,
|
NgArray<int> & connected, NgArray<int> & treesearch,
|
||||||
@ -894,7 +635,7 @@ namespace netgen
|
|||||||
pmin2 = pmin2 + 0.1 * (pmin2 - pmax2);
|
pmin2 = pmin2 + 0.1 * (pmin2 - pmax2);
|
||||||
pmax2 = pmax2 + 0.1 * (pmax2 - pmin2);
|
pmax2 = pmax2 + 0.1 * (pmax2 - pmin2);
|
||||||
|
|
||||||
TBoxTree tettree(pmin2, pmax2);
|
BoxTree<3> tettree(pmin2, pmax2);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
tempels.Append (startel);
|
tempels.Append (startel);
|
||||||
|
@ -146,8 +146,6 @@ void STLGeometry :: MakeAtlas(Mesh & mesh, const MeshingParameters& mparam, cons
|
|||||||
chartbound.Clear();
|
chartbound.Clear();
|
||||||
chartbound.SetChart(&chart);
|
chartbound.SetChart(&chart);
|
||||||
|
|
||||||
chartbound.BuildSearchTree(); // different !!!
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!found) throw Exception("Make Atlas, no starttrig found");
|
if (!found) throw Exception("Make Atlas, no starttrig found");
|
||||||
|
|
||||||
//find surrounding trigs
|
//find surrounding trigs
|
||||||
@ -324,7 +322,6 @@ void STLGeometry :: MakeAtlas(Mesh & mesh, const MeshingParameters& mparam, cons
|
|||||||
innerchartpts.SetSize(innerchartpoints.Size());
|
innerchartpts.SetSize(innerchartpoints.Size());
|
||||||
for (size_t i = 0; i < innerchartpoints.Size(); i++)
|
for (size_t i = 0; i < innerchartpoints.Size(); i++)
|
||||||
innerchartpts[i] = GetPoint(innerchartpoints[i]);
|
innerchartpts[i] = GetPoint(innerchartpoints[i]);
|
||||||
// chartbound.BuildSearchTree(); // different !!!
|
|
||||||
|
|
||||||
// NgProfiler::StopTimer (timer2);
|
// NgProfiler::StopTimer (timer2);
|
||||||
// NgProfiler::StartTimer (timer3);
|
// NgProfiler::StartTimer (timer3);
|
||||||
|
@ -1095,6 +1095,9 @@ void STLBoundary ::AddTriangle(const STLTriangle & t)
|
|||||||
segs[1] = INDEX_2(t[1], t[2]);
|
segs[1] = INDEX_2(t[1], t[2]);
|
||||||
segs[2] = INDEX_2(t[2], t[0]);
|
segs[2] = INDEX_2(t[2], t[0]);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!searchtree)
|
||||||
|
BuildSearchTree();
|
||||||
|
|
||||||
for (auto seg : segs)
|
for (auto seg : segs)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
STLBoundarySeg bseg(seg[0], seg[1], geometry->GetPoints(), chart);
|
STLBoundarySeg bseg(seg[0], seg[1], geometry->GetPoints(), chart);
|
||||||
@ -1312,21 +1315,18 @@ bool STLBoundary :: TestSeg(const Point<3>& p1, const Point<3> & p2, const Vec<3
|
|||||||
|
|
||||||
void STLBoundary :: BuildSearchTree()
|
void STLBoundary :: BuildSearchTree()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
delete searchtree;
|
|
||||||
|
|
||||||
Box<2> box2d(Box<2>::EMPTY_BOX);
|
Box<2> box2d(Box<2>::EMPTY_BOX);
|
||||||
Box<3> box3d = geometry->GetBoundingBox();
|
Box<3> box3d = geometry->GetBoundingBox();
|
||||||
|
|
||||||
for (size_t i = 0; i < 8; i++)
|
for (size_t i = 0; i < 8; i++)
|
||||||
box2d.Add ( chart->Project2d (box3d.GetPointNr(i)));
|
box2d.Add ( chart->Project2d (box3d.GetPointNr(i)));
|
||||||
|
|
||||||
// comment to enable searchtree:
|
searchtree = make_unique<BoxTree<2,INDEX_2>> (box2d);
|
||||||
// searchtree = new BoxTree<2,INDEX_2> (box2d);
|
// searchtree = nullptr;
|
||||||
searchtree = nullptr;
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
void STLBoundary :: DeleteSearchTree()
|
void STLBoundary :: DeleteSearchTree()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
delete searchtree;
|
|
||||||
searchtree = nullptr;
|
searchtree = nullptr;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -1349,18 +1349,13 @@ bool STLBoundary :: TestSegChartNV(const Point3d & p1, const Point3d& p2,
|
|||||||
Line2d l1 (p2d1, p2d2);
|
Line2d l1 (p2d1, p2d2);
|
||||||
|
|
||||||
double eps = 1e-6;
|
double eps = 1e-6;
|
||||||
bool ok = true;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (searchtree)
|
auto hasIntersection = [&] (auto i2) NETGEN_LAMBDA_INLINE
|
||||||
{
|
|
||||||
NgArrayMem<INDEX_2,100> pis;
|
|
||||||
searchtree -> GetIntersecting (box2d.PMin(), box2d.PMax(), pis);
|
|
||||||
for (auto i2 : pis)
|
|
||||||
{
|
{
|
||||||
const STLBoundarySeg & seg = boundary_ht[i2];
|
const STLBoundarySeg & seg = boundary_ht[i2];
|
||||||
|
|
||||||
if (seg.IsSmoothEdge()) continue;
|
if (seg.IsSmoothEdge()) return false;
|
||||||
if (!box2d.Intersect (seg.BoundingBox())) continue;
|
if (!box2d.Intersect (seg.BoundingBox())) return false;
|
||||||
|
|
||||||
const Point<2> & sp1 = seg.P2D1();
|
const Point<2> & sp1 = seg.P2D1();
|
||||||
const Point<2> & sp2 = seg.P2D2();
|
const Point<2> & sp2 = seg.P2D2();
|
||||||
@ -1375,44 +1370,30 @@ bool STLBoundary :: TestSegChartNV(const Point3d & p1, const Point3d& p2,
|
|||||||
bool on2 = (lam2 > -eps) && (lam2 < 1 + eps);
|
bool on2 = (lam2 > -eps) && (lam2 < 1 + eps);
|
||||||
|
|
||||||
if(!err && ((on1 && in2) || (on2 && in1)))
|
if(!err && ((on1 && in2) || (on2 && in1)))
|
||||||
{
|
return true;
|
||||||
ok = false;
|
return false;
|
||||||
break;
|
};
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
if (searchtree)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
bool has_intersection = false;
|
||||||
|
searchtree -> GetFirstIntersecting (box2d.PMin(), box2d.PMax(),
|
||||||
|
[&] (auto i2) NETGEN_LAMBDA_INLINE
|
||||||
|
{
|
||||||
|
has_intersection = hasIntersection(i2);
|
||||||
|
return has_intersection;
|
||||||
|
});
|
||||||
|
return !has_intersection;
|
||||||
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
{
|
{
|
||||||
for(auto [i2, seg] : boundary_ht)
|
for(auto [i2, seg] : boundary_ht)
|
||||||
{
|
if(hasIntersection(i2))
|
||||||
if (seg.IsSmoothEdge()) continue;
|
return false;
|
||||||
if (!box2d.Intersect (seg.BoundingBox())) continue;
|
return true;
|
||||||
|
|
||||||
const Point<2> & sp1 = seg.P2D1();
|
|
||||||
const Point<2> & sp2 = seg.P2D2();
|
|
||||||
|
|
||||||
Line2d l2 (sp1, sp2);
|
|
||||||
double lam1, lam2;
|
|
||||||
|
|
||||||
int err = CrossPointBarycentric (l1, l2, lam1, lam2);
|
|
||||||
|
|
||||||
bool in1 = (lam1 > eps) && (lam1 < 1-eps);
|
|
||||||
bool on1 = (lam1 > -eps) && (lam1 < 1 + eps);
|
|
||||||
bool in2 = (lam2 > eps) && (lam2 < 1-eps);
|
|
||||||
bool on2 = (lam2 > -eps) && (lam2 < 1 + eps);
|
|
||||||
if(!err && ((on1 && in2) || (on2 && in1)))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
ok = false;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return ok;
|
|
||||||
}
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STLDoctorParams :: STLDoctorParams()
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STLDoctorParams :: STLDoctorParams()
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@ -191,10 +191,10 @@ private:
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const STLChart * chart;
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const STLChart * chart;
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// NgArray<STLBoundarySeg> boundary;
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// NgArray<STLBoundarySeg> boundary;
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ClosedHashTable<INDEX_2, STLBoundarySeg> boundary_ht;
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ClosedHashTable<INDEX_2, STLBoundarySeg> boundary_ht;
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BoxTree<2,INDEX_2> * searchtree = nullptr;
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unique_ptr<BoxTree<2,INDEX_2>> searchtree;
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public:
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public:
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STLBoundary(STLGeometry * ageometry);
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STLBoundary(STLGeometry * ageometry);
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~STLBoundary() { delete searchtree; }
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~STLBoundary() {}
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void Clear() { /* boundary.SetSize(0); */ boundary_ht = ClosedHashTable<INDEX_2,STLBoundarySeg>(); }
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void Clear() { /* boundary.SetSize(0); */ boundary_ht = ClosedHashTable<INDEX_2,STLBoundarySeg>(); }
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void SetChart (const STLChart * achart) { chart = achart; }
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void SetChart (const STLChart * achart) { chart = achart; }
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